尼爾斯（小山茉美 配音）是個調皮搗蛋的小學生，他不愛學習懶惰認性，喜歡捉弄小動物，爸爸（津嘉山正種 配音）媽媽（池田昌子 配音）對他都失去了信心。因得罪了小妖精（槐柳二 配音），尼爾斯被妖精施魔法變成了個小人。常被他欺負的動物們都很高興，它們紛紛對尼爾斯進行報復。他家常被遷徙的雁群嘲笑的鵝莫爾典經過反復練習飛上了天空，尼爾斯和跟他一起變小的卡駱駝（山崎唯 配音），騎著它飛上了天空，跟著大雁群去旅行了。他神奇地能聽懂了動物的語言，在湖邊他救了被狐貍襲擊的大雁，在途中又救了森林里的小松鼠，一路上尼爾斯遇到了很多危險也在成長中磨練了自己，并從各種動物身上學習它們的優點，也幫助了很多動物。尼爾斯騎著鵝莫爾典在慢長的旅途中，還會碰到哪些困難和危險呢？他能否實現他的愿望變大回到家中變成一個好孩子嗎？